Die Ereignisse in Arkham City finden ein Jahr nach Batman: Arkham Asylum statt. Quincy Sharp, der ehemalige Leiter des Arkham Asylum, hat sich selbst mit den Lorbeeren geschmückt, die Übernahme der Nervenklinik durch den Joker aufgehalten zu haben und konnte so zum Bürgermeister über Gotham City aufsteigen. Seiner Meinung nach sind Arkham und das Blackgate Gefängnis nutzlos geworden, da, trotz zunehmender Sicherheitsmaßnahmen der letzten Jahre, den Insassen immer wieder Ausbrüche gelangen. Deshalb ließ Sharp beide Einrichtungen schließen und kaufte stattdessen ein großes, heruntergekommenes und wertloses Gebiet Gothams auf und ließ es in ein enormes "Open-Air Gefängnis" namens Arkham City umwandeln. Die Anlage untersteht dem Psychiater Dr. Hugo Strange - eine mysteriöse Persönlichkeit, über die kaum etwas bekannt ist und die insgeheim Sharp manipuliert und beeinflusst - und wird von einer schwerbewaffneten Einheit Söldner der privaten Sicherheitsfirma TYGER Security bewacht. Die Inhaftierten dürfen in Arkham City tun und lassen was sie wollen, solange sie nicht versuchen auszubrechen. Sharp hofft dabei, dass sich die Kriminellen bei ihren Auseinandersetzungen gegenseitig ausrotten. Doch bald machen Gerüchte die Runde, dass Sonderbares hinter den Mauern der Gefängnisstadt vorgeht und diejenigen, die mehr über Arkham oder Strange herausfinden wollen, verschwinden auf rätselhafte Art und Weise.
Bei den in Arkham City stattfindenden Bandenkriegen, tun sich diverse altbekannte Superschurken hervor, die das Areal unter sich aufteilen. Unter ihnen der "Neuankömmling" Two-Face (Batman: Arkham City), der sich eine höhere Position unter den Insassen erhofft, indem er die kürzlich von ihm gefangen genommene Einzelgängerin Catwoman (Batman: Arkham City) öffentlich exekutieren will. Doch nun schlägt Batman zu um Catwoman, auch aufgrund ihrer gemeinsamen Vergangenheit, zu retten. Er findet sich wieder einer anderen Welt, beherrscht von den schlimmsten Kriminellen, den übelsten Freaks und gefährlichsten Irren, die Gotham City je gesehen hat.

Quelle: http://de.batman.wikia.com/wiki/Batman:_Arkham_City